Le garant de l'école Allemande de Genève est l'association pour l'enseignement scolaire allemand. Celle-ci est représentée par des parents, professeurs et amis de l'école. Le conseil d'administration se compose de 7 personnes élues, qui ont pour mission de conseiller le Directeur de l'école, le Directeur Administratif, l'Ambassadeur de la République Fédérale d'Allemagne et les représentants du conseil des parents d'élèves et des professeurs. Parents, professeurs et élèves ont leurs propres représentants.
Le service pédagogique est dirigé par le Directeur d'école et le service administratif par un Directeur administratif. Le Directeur d'école informe régulièrement la branche centrale pour l'instruction publique étrangère (ZfA) du Ministère des affaires étrangères.