Träger der Deutschen Schule Genf ist der Verein für deutschen Schulunterricht. Ihm gehören Eltern, Lehrer und Freunde der Schule an. Dem gewählten siebenköpfigen Vorstand stehen beratend der Schulleiter, der Geschäftsführer, der Botschafter der Bundesrepublik Deutschland und Vertreter des Schuleltern- und Lehrerbeirat zur Seite. Eltern, Lehrer und Schüler haben jeweils eigene Vertretungen. Der Schulbetrieb ist unterteilt in einen pädagogischen und einen Verwaltungsbereich, dem der Geschäftsführer und der Schulleiter vorstehen. Der Schulleiter berichtet zusätzlich der Zentralstelle für das Auslandsschulwesen (ZfA) im Auswärtigen Amt.

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