À l’École Allemande, le secondaire I commence en cinquième année et diffère considérablement du système scolaire genevois en termes d’objectifs et de rythme d’apprentissage. Les 5 et 6 èmes années servent de phase d’orientation. Pendant cette période, l’école s’efforce de faciliter l’entrée au gymnase par différentes mesures organisationnelles et pédagogiques. Les enseignant(e)s d’une même classe se réunissent régulièrement pour évaluer le niveau d’apprentissage des élèves. En fin de 6ème année, ils émettent ensemble une recommandation pour la suite du parcours scolaire de l’élève. Ceux qui ne reçoivent pas d’avis favorable pour le gymnase poursuivent leur cursus dans la même classe et sont évalués selon les critères de la « Realschule ». Pendant toute la phase d’orientation, l’enseignant(e) est en contact étroit avec les parents.
Pour les élèves de la « Realschule », le cursus scolaire se termine après la dixième année par l’obtention du certificat de fin d’études « Realschulabschluss ». Une moyenne minimale de 2,9 permet à l’élève d’accéder au degré gymnasial supérieur par un système de passerelle.
Les élèves du gymnase terminent quant à eux leur cursus après la douzième année par l’obtention du « Deutsches Internationales Abitur. Ce diplôme de fin d’études permet aux élèves d’étudier dans toutes les universités suisses et européennes.
Les élèves de langue maternelle française et allemande suivent les cours ensemble dans des classes mixtes. Les cours de sciences naturelles, sciences sociales, arts visuels et musique sont donnés en allemand. Les cours de géographie et d’histoire sont bilingues allemand et français respectivement en 5ème et 6ème années. La même importance est donnée à l’allemand et le français pour les branches enseignées en classe bilingue.
À partir de la cinquième année, tous les élèves apprennent l’anglais. Et en 8ème année, les élèves peuvent également choisir d’apprendre l’espagnol en option.
