Träger der Deutschen Schule Genf ist der Verein für deutschen Schulunterricht. Ihm gehören Eltern, Lehrer und Freunde der Schule an. Dem gewählten siebenköpfigen Vorstand stehen beratend der Schulleiter, der Geschäftsführer, der Botschafter der Bundesrepublik Deutschland und Vertreter des Schuleltern- und Lehrerbeirates zur Seite.
Der Schulbetrieb ist unterteilt in einen pädagogischen und einen Verwaltungsbereich, dem der Schulleiter und der Geschäftsführer vorstehen. Der Schulleiter berichtet zusätzlich der “Zentralstelle für das Auslandsschulwesen” (ZfA) und dem Auswärtigen Amt.
